三清殿是道教標志性建筑，因內塑有道家三清真人而得名。原殿初建時間不可考，明清均有修繕記載，解放初建老君學校、政府時拆毀，現大殿為2001年舊址重修建筑，建筑面積約6000平方米。大門為云南雙層雕花鏤空青蘋木；前殿正中塑有高9米的上清靈寶天真、玉清元始天真、太清道德天真，左右各塑有高5米的12金仙，殿內壁畫、壁飾均為道家經典故事、文化背景圖案；后殿塑有高5米的后三清真人塑像，神態各異，栩栩如生。三清殿右側湖面聳立的一塊巨石上刻有明朝太極宗師張三豐游凌云山所詠詩句：蜀山靈秀屬凌云，水木清華遠俗氛。九鼎煙中鸞鳳嘯，仙音不與世間聞。由此可見凌云山當年的極盛地位。